In der DNA von Desmond Miles stecken Geheimnisse, von denen er selbst noch nicht einmal etwas weiß. Erinnerungen und Taten seiner Vorfahren, das, was sie gesehen und das, was sie getan haben, samt all ihrer eigenen Geheimnisse. Und die sind wertvoll genug, als dass der Templer-Konzern Abstergo und seine Wissenschaftler ein Interesse daran haben, in den Tiefen der Vergangenheit zu wühlen, und ohne, dass Desmond so richtig weiß, wie ihm geschieht, stolpert er in einen uralten Kampf zwischen Templern und Assassinen.